Die meisten Grundlagen des Bujinkan Budo Taijutsu werden aus sechs Stilen abgeleitet. Diese sind Kotō Ryū, Gyokko Ryū, Shinden Fudō Ryū, Takagi Yōshin Ryū, Kukishinden Ryū & Togakure Ryū.
Die Organisationsform ist zentralisiert und kennt daher keine nationalen oder regionalen Verbände mit eigenen Rechten. Die Schulen des Bujinkan Budo Taijutsu sind:
Ninja Ryu
Togakure Ryu („Die Schule der verborgenen Tür“)
Kumogakure Ryu („Die Schule der verborgenen Wolke“)
Gyokushin Ryu („Schule des mit Juwelen geschmückten Tigers“)
Samurai Ryu
Gyokko Ryu Kosshijutsu („Die Schule des mit Juwelen geschmückten Herzens“)
Koto Ryu Koppojutsu („Die Schule des den Tiger niederschlagen“)
Shinden Fudo Ryu Dakentaijutsu („Die Schule des Unbewegten Herzens“)
Kukishinden Ryu Happo Bikenjutsu („Die Schule der neun Dämonengötter“)
Takagi Yoshin Ryu Jutaijutsu („Die Schule des Hoher Baum-Weide-Geist“)
Gikan Ryu Koppojutsu („Schule des Lernens von Gerechtigkeit“)
Es wird der Gebrauch einer Vielzahl von Waffen gelehrt.
Dazu zählen Klingenwaffen aller Art wie Tantō (Dolch), Wakizashi (Kurzschwert), Katana (Langschwert), Nodachi (überlanges Kriegsschwert) und Tachi (Reiterschwert). Im Training werden Bokutō/Bokken (Holzschwert) und Shinai (Bambusschwert) verwendet. Fortgeschrittene können auch mit Metallausfertigungen trainieren.
Eine weitere Kategorie bilden die Stangenwaffen mit Klinge wie Yari (Speer), Naginata (Speer mit gebogener Klinge, auch Schwert-Lanze genannt), Bisento (schwere Form der Naginata), Kagiyari (Speer mit zwei Haken) oder als klingenlose Stabwaffen in verschiedenen Längen wie Hanbō (halber Stab), Jō (2/3-Längen) oder Bō (langer Stab).
Ebenfalls werden flexible Waffen unterrichtet. Diese sind u.a. Nawa (Seil), Kusari-Fundo (Kette mit Endgewichten), Kusarigama (Sichel mit Kette), Kyoketsu Shoge (Metallklinge mit Haken und einem langen Seil/Kette mit einem Eisenring am Ende).
Weiterhin werden auch Wurfwaffen unterrichtet wie Shuriken (Pfeil- und plattenförmig), versteckte Waffen (jap. Kakushi Buki) wie Tessen (metallverstärkte Fächer) und spezielle Waffen wie Jutte (Metallstab mit Fanghaken), Kunai (Grabwerkzeug) oder Shuko (Kletterhilfen) zusammen.
Im Training des Bujinkan Budō werden zwar spezielle Jahresthemen als Lehrschwerpunkte festgelegt, jedoch werden alle oben genannten Bereiche im Gesamten unterrichtet.
Ninjutsu
Ninjutsu ist eine Kriegs- und Kampfkunst, die sich vor hunderten Jahren aus verschiedenen asiatischen Einflüssen und aus der Notwendigkeit heraus entwickelte im feudalistischen Japans gefährliche Situationen zu überleben. Oft werden die Praktizierenden des Bujinkan Budō mit den Ninja des feudalen Japan in Zusammenhang gebracht und infolgedessen Bujinkan Budō mit Ninjutsu uneingeschränkt gleichgesetzt. Dieser Aspekt wird leider oft aus kommerziellen Gründen gefördert aber tatsächlich sind nur drei der neun Schulen im Bujinkan als „Ninjutsu Ryū“ definiert.
Selber nannten sich die Ninja nicht Ninja, sondern z.B. Kusa (草 Gras), Oniwaban (お庭番 Gärtner), Suppa (素っ 破 Dieb), Rappa (乱破 Kriegsunterbrecher) oder auch einfach Iga no mono (伊賀 の者 Person aus der Region Iga). Dies waren Bezeichnungen ihrer üblichen Kampftaktiken oder ihrer Einsatzbereiche. Die Tätigkeiten der Ninjutsu-Praktizierenden umfassten hauptsächlich Informationsbeschaffung sowie unkonventionelle Kriegsführung zur Erlangung einzelner Kriegsziele.
Obgleich Ninjutsu zu den klassischen Kriegskünsten Japans gehört und in etlichen Ryū (Schule/Stil) gelehrt wurde, ist es keine klar definierte Budō-Kunst. Vielmehr kann man es als eine Ergänzung zu den anderen Budō-Künsten sehen. An dieser Stelle soll deshalb Ninjutsu definiert werden als alle Tätigkeiten, die im feudalistischen Japan der Personengruppe zugeordnet waren, die heute als Ninja (忍者) bezeichnet werden.
Weiterhin war die Ausbildung in den Kampfkünsten eine sehr aufwendige, zeit- und kostenintensive Aufgabe, die zwangsläufig direkt mit der einzigen Bevölkerungsschicht in Verbindung gebracht werden muss, die sich aus dieser Aufgabe herausgebildet hat – den Samurai. Also ist anzunehmen das die Ninjutsu-Praktizierenden zuerst die „üblichen“ Kriegskünste erlernten und auf diese bauten sie die Künste des Ninjutsu auf.